磁珠法土壤&糞便基因組 DNA 抽提試劑盒
產(chǎn)品編號:B618763
包裝規(guī)格:50 次/100 次
試劑盒組成
組分 50 次
100 次
Buffer CZ
35 mL
70 mL
Buffer SDS
4 mL
8 mL
Buffer SP
10 mL
20 mL
Buffer HTC
12 mL
24 mL
Buffer GA
60 mL
120 mL
Buffer P3
70 mL
140 mL
PureMag Beads
2 mL
4 mL
TE Buffer(pH8.0)
10 mL
20 mL
操作手冊
1 份
1 份
保存方法及注意事項
試劑盒中 Buffer HTC 和 PureMag Beads 置于 2~8°C 保存,其余試劑室溫保存,有效期詳見包裝。
Buffer SDS 中含有刺激性化合物,操作過程中應穿上實驗服,戴好乳膠手套,避免沾染皮膚、眼睛和衣服,防止吸入口
鼻。沾染皮膚或眼睛后,請立即用清水或生理鹽水沖洗,必要時尋求醫(yī)生的幫助。
產(chǎn)品介紹
1
磁珠法土壤&糞便基因組 DNA 抽提試劑盒是一種土壤&糞便基因組 DNA抽提試劑盒。本產(chǎn)品采用 Buffer CZ 和
Buffer SDS 兩種溶液裂解土壤和糞便中的
微生物,
釋放出土壤和糞便中的微生物基因組 DNA。本試劑盒中的 Buffer HTC 是
一種腐殖酸清除劑,與 Buffer SP
共同作用,能夠清除大部分的腐殖酸和蛋白等雜質(zhì)。另外,PureMag Beads 選擇性吸附
DNA 分子,對腐殖酸和蛋白等雜質(zhì)的吸附量很少,通過多次洗滌液的洗滌能夠完全除去
PureMag Beads吸附的少量雜質(zhì)。在洗脫液的作用下PureMag Beads釋放吸附的基因組DNA,即獲得高質(zhì)量的基因組DNA。
采用本產(chǎn)品提取土壤和糞便基因組 DNA 無需苯酚、氯仿抽提,也無需蛋白酶 K 裂解,獲得 DNA 的 OD260/OD280 比值一般為
1.7~1.9,抽提的 DNA 可直接用于后續(xù) PCR 等實驗。
標準抽提步驟
自備材料:磁力架、小型高速離心機(最大離心力 ≥ 12,000 × g)、水浴鍋、1.5 mL 和 2 mL 離心管、70% 乙醇、RNase A 溶
液(10 mg/mL)。
每次使用前請檢查 Buffer SDS 是否出現(xiàn)沉淀,如有沉淀,請于 65 °C 溶解之后使用。
.
樣品裂解:
a. 土樣裂解:稱取 250 mg 的土樣,加入 600 μl Buffer CZ 和 60 μl Buffer SDS,振蕩混勻 3 min,65°C 水浴 20 min,間
或混勻。
b. 糞便裂解:稱取 200 mg 固體糞便樣本,加入 600 μl Buffer CZ 和 60 μl Buffer SDS,振蕩混勻 3 min,65°C 水浴 20 min,
間或混勻。
c. 水樣裂解:采用微孔濾膜或者微孔濾紙(
0.22 μm 或者 0.45 μm)過濾水樣,水樣的用量依據(jù)水中微生物的含量而定。
然后將微孔濾紙或者濾膜剪碎之后加入 600 μl Buffer CZ 和 60 μl Buffer SDS,振蕩混勻 3 min,65°C 水浴 20 min,間
或混勻。
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加入裂解液之后充分振蕩土樣,使其呈現(xiàn)勻致狀態(tài)。
¸
裂解過程間或混勻,使其充分裂解。
¸
若糞便樣本為液態(tài)狀,加入 200 μl 樣品到離心管中,然后按照固態(tài)糞便裂解方法進行裂解。
¸
若水樣比較渾濁,可以將水樣低速離心,然后取上清再進行微孔濾膜過濾。
2.
12000 rpm室溫離心3 min,吸取上清至一干凈2 mL的離心管中。
¸
如需得到無 RNA 的 DNA,可在水浴后加入 20 μl RNase A (10 mg/mL),混勻后室溫放置 3-5 min。
3.
加入上清1/4體積的Buffer SP和200 μl Buffer HTC,漩渦混勻,-20°C放置15 min,間或混勻。
¸
Buffer HTC 是腐殖酸清除劑,使用前將沉淀充分懸浮起來再吸取。
4.
12000 rpm室溫離心5 min,吸取上清至一干凈2 mL離心管中。
5.
加入900 μl Buffer GA和40 μl PureMag Beads,充分混勻,室溫結(jié)合3 min,間或混勻。
¸
向離心管中加 PureMag Beads 之前,請將其充分混勻。
¸
請務必將 PureMag Beads 加至液面以下,盡量將槍頭上殘留 PureMag Beads 吸打干凈。
6.
將離心管置于磁力架上1 min,待PureMag Beads完全吸至管壁之后,吸棄上清,從磁力架上取出離心管。
¸
吸棄上清前,若管口粘有少量 PureMag Beads,請用上清液將其洗至離心管內(nèi),以確保所有 PureMag Beads 吸附至管
壁上。
¸
吸棄上清時,請勿吸入 PureMag Beads,盡量吸凈上清。
¸
從磁力架上取出離心管后,若有少量上清,請將離心管置于磁力架上,再次吸取上清。
7.
向離心管中加入700 μl Buffer P3,振蕩混勻,將離心管置于磁力架上1 min,待PureMag Beads完全吸至管壁之后,吸
棄上清,從磁力架上取出離心管。
¸
吸棄上清前,若管口粘有少量 PureMag Beads,請用上清液將其洗至離心管內(nèi),以確保所有 PureMag Beads 吸附至管
壁上。
¸
吸棄上清時,請勿吸入 PureMag Beads,盡量吸凈上清。
¸
從磁力架上取出離心管后,若有少量上清,請將離心管置于磁力架上,再次吸取上清。
8.
向離心管中加入700 μl 70%乙醇,振蕩混勻,將離心管置于磁力架上1 min,待PureMag Beads完全吸至管壁之后,吸
棄上清,從磁力架上取出離心管。
9.
重復步驟8一次,室溫開蓋干燥15-20 min或者55°C恒溫箱開蓋干燥5-7 min至管內(nèi)無液體殘留。
¸
干燥前,請盡量吸凈管內(nèi)的液體。
¸
干燥前,若出現(xiàn)液體掛壁現(xiàn)象,可將離心管短暫離心之后,再將其置于磁力架上,待所有 PureMag Beads 完全吸至管
壁之后再吸凈管內(nèi)液體。
10. 加入50 μl TE Buffer (pH 8.0),65°C洗脫5 min,間或混勻。
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請將管壁上所有 PureMag Beads 懸浮在 TE Buffer 中。
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根據(jù)實驗需要可以將 TE Buffer(
pH8.0)用無菌的雙蒸水(
pH>7.5)代替。
11. 取出離心管并置于磁力架上1 min,待PureMag Beads完全吸至管壁上之后,吸取上清至新無菌的離心管,即獲得基因
組DNA。
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吸取上清前,請確保 PureMag Beads 完全吸至管壁,請勿吸入 PureMag beads,否則影響基因組 DNA 的純度。
常見問題解答
1.
得率低
a. 土壤樣品裂解不充分。土壤樣本中加入裂解液之后請務必充分振蕩混勻,使其呈勻致狀態(tài),否則造成微生物包裹在土壤
顆粒中,造成微生物釋放率低,獲得基因組 DNA 濃度也偏低。另外,裂解過程間或混勻,使土壤保持懸浮狀態(tài)。
b. 結(jié)合不充分。加入 Buffer GA 和 PureMag Beads 之后,請將其充分混勻,并使 PureMag Beads 處于懸浮狀態(tài)。
c. 操作過程中丟失 PureMag Beads。結(jié)合及洗滌過程中可能有少量的 PureMag Beads 粘在離心管管口上,吸棄上清前請
用少量的上清液清洗管口,使粘在管口的 PureMag Beads 也吸附至管壁上。
d. 洗脫液不合適。洗脫緩沖液的 pH 值對洗脫效率有影響,如果使用水進行洗脫,請確保其 pH 值 > 7.5,pH 值過低可能
導致低洗脫效率。
e. 洗脫過程操作不當。洗脫時請將管壁上所有 PureMag Beads 溶解在 TE Buffer 中。
f.
取樣量太多或者太少。請嚴格按照說明書操作。
2.
獲得的DNA溶液有顏色
a. 取樣量過多。嚴格按照說明書操作,如果需要增加土壤用量,可以等比例增加后續(xù)實驗步驟溶液的用量。
b. 裂解不充分。加入裂解液之后請充分懸浮土壤,保證微生物從土壤顆粒中釋放出來,使其裂解更充分。
c. 洗滌不充分。洗滌過程中請充分懸浮磁珠,保證磁珠洗滌干凈徹底。
d. 最后一步吸取上清時吸入 PureMag Beads。請確保所有 PureMag Beads 吸至管壁上之后,再吸取上清。如果不小心
吸入 PureMag Beads,請將上清液放回原管,待 PureMag Beads 完全吸至管壁之后重新吸取上清。或者將吸取的 DNA
溶液 10,000 rpm 離心 2 min,再取上清。
3.
獲得的DNA條帶彌散
a. 土樣不新鮮。請拿到土樣之后盡快抽提基因組,保證微生物的 DNA 完整性。
4.
DNA樣品不純,抑制或者干擾后續(xù)實驗反應
a. 乙醇有殘留。請吸棄上清后從磁力架上取出離心管,放置 2 min 之后再將離心管置于磁力架上 30 s,吸凈管底的液體。
若出現(xiàn)殘液的掛壁現(xiàn)象,請短暫離心之后將離心管置于磁力架上 30 s,吸凈離心管內(nèi)的液體。
b. PureMag Beads 洗滌不充分。向離心管中加入 70 %乙醇以后,請充分混勻,使 PureMag Beads 充分懸浮在 70%乙醇
中。
c. PureMag Beads 沒有完全干燥。請將 PureMag Beads 完全干燥,保證無乙醇殘留。
d. 最后一步吸取上清時吸入 PureMag Beads。請確保所有 PureMag Beads 吸至管壁上之后,再吸取上清。如果不小心
吸入 PureMag Beads,請將上清液放回原管,待 PureMag Beads 完全吸至管壁之后重新吸取上清;蛘邔⑽〉 DNA
溶液 10,000 rpm 離心 2 min,再取上清。
e. 基因組 DNA 加量過多或者未加入 BSA。如果基因組 DNA 濃度過高,請將其稀釋至 20 ng/μl ,并在 PCR 反應體系中
加入終濃度為 16 mg/mL BSA。
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